根：根白色，弦线状，侧根少而短。根的数量、长度和粗度，随植株的发生总叶数的增加而不断增长，大葱发棵生长旺期，根数可达100多条。
茎：茎极度短缩呈球状或扁球状，单生或簇生 日本大葱，粗1~2cm，外皮白色，膜质，不破裂。上部着生多层管状叶鞘，下部密生须根。当苗端生长点分化为花芽后，会逐渐发育除花茎。大葱花茎粗壮，中空不分枝，长30~50cm。
叶：叶由叶身和叶鞘组成，叶身长圆锥形 日本大葱批发，中空，绿色或深绿色。单个叶鞘为圆筒状。多层套生的叶鞘和其内部包裹的4-6个尚未出鞘的幼叶，构成棍棒状假茎。
花：着生于花茎顶端，开花前，正在发育的伞形花序藏于总苞内。营养器官充分生长的葱株，一个花序有花400-500朵，多者可达800以上。两性花，异花授粉。每朵花有花被6片，雄蕊6枚。雌蕊成熟时，花柱长1cm。子房上位，3室，每室2粒。
果实种子：果实为蒴果，成熟时易开裂。种子盾形 种植日本大葱，黑色，具6棱，有不规则密皱纹。千粒重2.4-3.4g。

施足基肥：由于大葱幼苗根系短入土浅 生产日本大葱，吸收土壤营养的能力差，要想培育壮苗，必须施足充分腐熟的有机肥和一定数量的磷、钾肥。具体方法是，在耕地前，每亩施腐熟细碎的厩肥（鸡、鸭、羊粪及生人粪尿除外）5000~6000公斤，整好畦。播种前再撒施硫酸型三元素复合肥25公斤。
畦做好后，先在畦内每亩撒施三元素复合肥（N、P、K各含15%）25公斤，锄透搂平，然后播手中。